Les brassicacées contiennent des glucosinolates (GSL) dont la décomposition est en mesure de réduire la croissance des populations de telluriques champignons, bactéries ou nématodes. Ces effets biocides sur les microorganismes telluriques se traduisent par une forme de phénomène d'allélopathie. Les propriétés allélopathiques dépendent de la composition en GLS des brassicacées : la moutarde indienne et dans une moindre extension le colza pourraient être les plus efficaces, la moutarde blanche aurait une action plus faible. Ces propriétés dépendent aussi des résidus de la culture : les engrais vert à décomposition rapide se traduiront par une action plus élevée que les résidus de céréales. Les principaux mécanismes sont connus. In vitro, les isothiocyanates obtenus à partir de la décomposition des GSL inhibent toutes les phases du cycle de Aphanomyces eutiches, le champignon responsable de la pourriture des racines de pois. La croissance mycélienne de Gaeumannomyces graminis tritici, le champignon responsable du piétin échaudage du blé, est inhibée par certains isothyocyanates à faible concentration. En outre, plusieurs études montrent que l'incorporation de résidus de brassicacées dans les sols inhibe la croissance de ces deux agents pathogènes telluriques. Enfin, la présence de racines de brassicacées inhibe la germination des mycorhizes, connus pour améliorer la nutrition minérale de la plante hôte. Ce phénomène pourrait expliquer l'effet dépressif du colza sur la nutrition d'une culture de maïs suivante. Ces connaissance relatives aux effets des brassicacées dans les systèmes de culture suggère des pistes pour une meilleure gestion des effets précédents des brassicacées, que ces effets soient positifs (protection intégrée des cultures) ou négatifs (gestion de l'alimentation minérale d'une culture suivant une brassicacée.